生物有机肥，指特定功能微生物与主要移动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源，并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥和有机肥效应的肥料。

农家肥是指农家将畜禽粪便、厩或农作物秸秆等混合，堆积而成的有机肥料。

二者区别：

       一是有益微生物差异。生物有机肥含有大量的有益生物，微生物的活动能够改善土壤理化性状，抑制有害生物的生长，促进作物生长；农家肥微生物含量较少，有益微生物和有害微生物共生。

       二是肥效的差异。生物有机肥发酵时间短，腐熟彻底，养分损失少，肥效相对较快；农家肥露天长时间堆积，养分（特别是氮素）损失较多。

       三是安全性差异。生物有机肥经过有益微生物的作用，基本消灭了畜禽粪便中原有的对作物生长有害的病虫。

       另外，生物有机肥经过发酵，充分腐熟后施入土壤，不会造成作物烧根、烧苗。而农家肥腐熟不彻底，用量稍大，就会出现烧根、烧苗，导致减产。